• Document: Introducción al programa ImageJ
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Química General e Inorgánica I – 1er Cuatrimestre 2014 – anexo unidad 3 Autores: Rolando M. Caraballo (rcaraballo@qi.fcen.uba.ar), Cecilia Spedalieri (cspedalieri@qi.fcen.uba.ar) Introducción al programa ImageJ aplicación para la determinación de tamaños de objetos en una imagen El ImageJ (web:http://rsb.info.nih.gov/ij/index.html) es una programa de dominio público, multiplataforma (existen versiones para Linux, Windows y MacOS), muy útil y de gran versatilidad para el procesado de imágenes, siendo utilizado incluso en distintos proyectos de investigación. El programa permite realizar operaciones muy sencillas sobre imágenes (como ajustar el contraste, o transformar una imagen color en una imagen blanco y negro), así como efectuar operaciones más sofisticadas sobre las imágenes (como por ejemplo resaltar algunos detalles y ocultar otros, descomponer un video en imágenes y viceversa). En éste curso introduciremos algunas nociones básicas para el manejo del programa con un fin específico (análisis colorimétrico de un indicador ácido-base a distintos pHs), pero tengan en mente que el programa tiene muchos más usos (desde contar nanopartículas hasta analizar fotos de tejidos), y que la Web está llena de recursos al respecto. Instalación en Windows Para ver cómo desinstalar e instalar software en general, leer el Tutorial Inicial. Para el caso particular del ImageJ, descargar y ejecutar el archivo correspondiente a su versión de Windows desde la página http://rsbweb.nih.gov/ij/download.html. En la siguiente figura se muestra dicha página con las opciones de descargas dependiendo de los sistemas operativos. Figura 1: Página de descarga del ImageJ. 1 Química General e Inorgánica I – 1er Cuatrimestre 2014 – anexo unidad 3 ¡Extra! - Plugins y macros Los plugins son módulos de software adicional que sirven para realizar tareas más específicas, extendiendo la utilidad del programa. Por otro lado los macros son líneas de comando que pueden programarse para realizar acciones repetitivas (por ejemplo, medir en la misma posición para una serie de imágenes, etc.), automatizando diversas tareas. En este curso utilizaremos las funciones por defecto del programa, pero... ¡es bueno saber que hay mucho material para explorar! El entorno ImageJ Mostraremos ahora cómo utilizar el ImageJ una vez instalado. Daremos las explicaciones utilizando la versión instalada en una computadora en el sistema operativo Windows, donde el idioma elegido es el inglés. En cualquier otra plataforma el programa puede usarse de un modo similar. Para abrir el programa buscamos el mismo haciendo click en la tecla de Inicio (logo de Windows en el extremo inferior izquierdo de la pantalla), y eligiendo Todos los programas, aparece en el menú como “ImageJ”. Cuando abrimos el ImageJ vemos una Barra de trabajo. La barra de trabajo de ImageJ se compone de varios menús (File, Edit, Image, etc.), algunos botones de herramientas (selección de área rectangular, oval, etc.), y además muestra información (dependiendo de la herramienta seleccionada) en forma de texto en la parte inferior. Figura 2: Barra de trabajo del ImageJ. Como en este curso vamos a hacer un uso restringido del programa nos concentraremos en describir solamente las herramientas que vamos a utilizar. Cómo abrir imágenes Para abrir una imagen en ImageJ hay al menos 2 caminos. a) desde el menú File como en la mayoría de los programas: 2 Química General e Inorgánica I – 1er Cuatrimestre 2014 – anexo unidad 3 Figura 3: Abrir un archivo desde el menú File. Desde el menú File seleccionamos Open y en el cuadro de diálogo elegimos la imagen que deseamos abrir. b) Si tenemos abierto un explorador de archivos (Explorador de Windows) podemos hacer click con el botón izquierdo del mouse sobre el archivo y, mientras mantenemos apretado dicho botón, arrastrar la imagen y soltarla sobre la barra del ImageJ (donde dice <<Drag and Drop>>): Figura 4: Abrir un archivo por Drag and Drop. Selección de un área de interés (no es imprescindible usarla) La mayoría de los comandos en el ImageJ funcionará sobre una región de la imagen que es preciso seleccionar o separar de alguna manera. Por ejemplo, para seleccionar toda la imagen se puede ir al menú Edit-->Selection-->Select All. También se puede definir un área específica de interés dentro de la imagen, usando cualquiera de las herramientas de selección en la barra de trabajo: rectangular, oval, poligonal y mano alzada (los primeros cuatro íconos de la barra de trabajo, en orden). 3 Química General e Inorgá

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